Náklady na periodickou a mimořádnou, příp. i výstupní pracovně-lékařskou prohlídku samozřejmě hradí v plném rozsahu zaměstnavatel, protože § 101 odst. 6 ZP jednoznačně stanoví, že veškeré náklady na BOZP nese zaměstnavatel a nesmí je jakýmkoliv způsobem přenášet na zaměstnance. Doba strávená vyšetřením u lékaře je považována za důležitou osobní překážku v práci podle nařízení vlády č. 590/2006 Sb., kterým se stanoví okruh a rozsah jiných důležitých osobních překážek v práci a proplácí se náhradou mzdy ve výši průměrného výdělku. Pouze v případě uchazečů o zaměstnání platí, že vstupní lékařské prohlídky se u pracovního poměru vyžadují vždy a u dohod o pracích konaných mimo pracovní poměr jen u prací zařazených do kategorie druhé rizikové a vyšší (rozuměj podle členění podle vyhlášky č. 432/2003 Sb.). U prací administrativních a prací zařazených do kategorie první a druhé nerizikové se vstupní lékařská prohlídka u dohod o pracích konaných mimo pracovní poměr nevyžaduje. Zásadně platí, že vstupní lékařskou prohlídku hradí osoba ucházející se o zaměstnání. Zaměstnavatel hradí vstupní lékařskou prohlídku, pokud uzavře s uchazečem o zaměstnání pracovněprávní nebo obdobný vztah, nestanoví-li jiný právní předpis jinak. Tato zásada se nepoužije, jestliže osoba ucházející se o zaměstnání se s případným zaměstnavatelem nebo zaměstnanec se zaměstnavatelem dohodne jinak nebo stanoví-li právní předpis jinak. Z uvedeného tedy vyplývá, že zaměstnavatel i uchazeči o zaměstnání může prohlídku proplatit (zejména např. v případech, kdy byla náročná a finančně nákladná), ale není to jeho povinnost.